公務上あるいは通勤による災害の中で、交通事故のように第三者（被災職員及び当該職員の所属する公共団体並びに基金以外のもの）の行為によって引き起こされた災害を「第三者行為災害」として区別しています。
　第三者が運転する自動車により公務災害又は通勤災害を受けたときは、被災職員は加害第三者に対し民法並びにその特別法である自賠法による損害賠償請求権と、基金に対する災害補償請求権を同時に保有することになります。

　このように同時に複数の請求権が競合し、それぞれの請求権の内容が一致する部分もあるところから、同時に損害の補てんがなされると、同一事由について重複して損害の補てんが行われることとなり、実際の損害額以上に補てんされるという不合理が生じてしまいます。
　このような不合理をさけるため、地公災法第59条によって第三者行為による公務災害及び通勤災害に対する補償に関しては、損害賠償との間の調整を次のとおり行うこととなっています。
　＜1＞ 基金が損害賠償の支払に先行して補償を行った場合には、その補償の額の範囲内で補償を受けた者が第三者に対して有する損害賠償請求権を、基金が代位取得する。（求償）
　＜2＞ 基金の補償に先行して第三者が損害賠償を行った場合には、基金はその補償の義務を免れる。（免責）

　第三者の運転する自動車等により公務災害又は通勤災害を受けたときは、各種の請求権が競合して発生するわけですが、これら請求権によって補てんされる損害範囲は、次のように異なっています。

　このように補てんされる損害の範囲が異なっているため、基金が補償先行したときは、基金は後に必ず加害者又は自賠責保険に対する求償事務が残る一方、被災職員も加害者又は自賠責保険に対し、補償を受けた残余の損害（慰謝料等）の補てんを請求することになり、事務の重複は避けられないので、事務の迅速かつ円滑な処理を図るため、原則として第三者である加害者又は自賠責保険等に対して損害賠償を請求していただくことになっています。（示談先行）
　また最近では、被災職員自身が人身傷害補償保険に加入しているケースが増えています。そのケースでは、加害者等からスムーズな支払が受けられない場合、自身の人身傷害補償保険から支払を受けることが有力な選択肢となります。
　補償先行は、次の場合で、しかも自賠責保険に対して被害者請求を先にしたのでは被災職員の保護に欠ける場合に行われます。

＜1＞　加害者に損害賠償を行う資力又は誠意がない場合
＜2＞　不法行為の成立、過失の割合、損害額をめぐり話し合いがつかず示談が容易に成立しそうにない場合
＜3＞　加害者の自賠責保険がない場合
＜4＞　被災職員の過失が大きい場合
＜5＞　被災職員の損害が自賠責保険の範囲内を超える場合（加害者の任意保険がある場合を除く。）

　自賠責保険は本来被保険者（加害者）の自動車損害賠償責任を保険するものであり、被保険者による保険請求が原則ですが、被害者の迅速な保護、救済を図るため被害者にも損害賠償請求（被害者請求）ができることになっています。また、同じ趣旨で、さしあたっての必要な費用にあてるための仮渡金請求、治療が長引くときなどには中途で内払金請求ができます。
　しかし、基金が補償先行した場合には、基金の承認を得た場合を除き、仮渡金、内払金の請求はできません。
　被害者請求については、被災職員が補償先行を受けた場合でも、基金から補償されない慰謝料等を被害者請求する必要が残ります。このような場合の被害者請求は、基金の自賠責保険に対する求償と同時に行いますので、被害者請求の書類は基金を通じて保険会社に提出することになります。
　この場合、両者の請求金額の合計額が保険金限度額に達しない場合は、請求した損害額について査定された金額が支払われますが、保険金限度額を超える場合は、保険金額を、査定された基金の求償額と被害者請求額との割合で按分した額が支払われます。

　被害者が加害者に対し損害賠償を請求する場合、不法行為の成立をめぐって、あるいは損害額をめぐって紛争が起こることは当然予想されます。このような紛争を解決するための手段として普通用いられるのが当事者間の話し合いによる解決、つまり示談による解決です。
　職員が第三者の運転する自動車等によって受けた公務災害又は通勤災害の示談は、あらかじめ基金と協議していただくことになっています。特に、損害額が確定しない（傷病が治ゆしない）場合の示談は、絶対にしないようにしてください。
　示談が有効に成立し、全損害が補てんされる場合は、基金は免責されるため、補償は行われません。ただし、示談は成立したが加害者が履行しなかった場合は、被災職員は債務不履行を理由に示談の解消ができますから、被災職員は示談を解消したのち補償の請求ができます。

　職員が公務中又は通勤の途中、第三者の運転する自動車等により災害を受けたときの公務災害認定請求書又は通勤災害認定請求書には、通常のとき添付する書類のほか、第三者加害報告書、交通事故証明書等を添付する必要があります。
　また、示談成立後（もしくは災害発生から６か月経過して示談が成立しない場合は６か月経過するごと）に第三者加害行為現状（結果）報告書を基金に提出してください。